結合公司當前工作實際，按照“專業劃分精細、內部職責明確、上下銜接對口、保證工作順暢”的原則，公司設12個部（室）和1個子公司。分別為：辦公室、綜合業務部（專家辦）、黨群辦（工會）、財務部、人力資源部、市場經營部、投資項目評審審核部、生態建設與區域經濟咨詢部、資源環境與產業發展咨詢部、城鄉規劃與基礎設施咨詢部、社會事業發展咨詢部以及青海青咨工程咨詢服務有限公司。

各部（室）及子公司主要職責如下：

    （一）辦公室

       負責公司行政管理工作，承擔文電收發、會務、接待、機要檔案、保密、督查督辦、文化建設、對外宣傳、證章管理、資產管理、安全生產、網絡數據信息管理、后勤保障等工作；牽頭公司法務管理，辦理法律顧問聘用事宜；負責突發事件的處理工作。

    （二）綜合業務部（專家辦）

        簡稱綜合部。負責銜接委下達咨詢業務；負責咨詢項目全流程管理、優秀咨詢成果管理、項目負責人管理、專家庫及數據庫建設管理等工作。

    （三）黨群辦（工會）

        簡稱黨辦。負責黨委日常工作的協調、辦理和服務；負責黨建、紀檢監察、信訪、效能督查等工作；負責工會、團支部等群眾組織的日常工作聯系。

    （四）財務部

        負責公司財務管理工作，承擔各項財務預算編制、財務核算、資金運作、成本控制、財務監督、資產監督等工作；監督指導子公司財務管理工作；協助協會秘書處財務管理工作。

    （五）人力資源部

        簡稱人資部。負責公司內部機構設置、職工管理、薪資社保、績效考核、職工培訓、出國（境）辦理、職稱評聘、干部任免和人事檔案管理等工作。

    （六）市場經營部

         簡稱市場部。負責開拓各類市場咨詢業務；負責制訂公司經營方針、中長期發展規劃及年度經營計劃方案；負責各類資信（質）管理、項目招投標管理及公司質量體系管理等工作。

    （七）投資項目評審審核部

         簡稱評審部。負責承擔各類投資項目概（預）算評審、項目前期審核及工程造價相關業務；開展相關行業研究。

    （八）生態建設與區域經濟咨詢部

         簡稱生態部。負責承擔生態、水利、農業農村、區域戰略等領域的研究、規劃、項目咨詢及評估工作。

    （九）資源環境與產業發展咨詢部

         簡稱產業部。負責承擔資源節約、環境保護、生態文明建設、產業發展、節能等領域的研究、規劃、項目咨詢及評估工作。

    （十）城鄉規劃咨詢部

         簡稱城鄉規劃部。負責承擔新型城鎮化、鄉村振興等領域的研究、規劃、項目咨詢及評估工作。

    （十一)基礎設施咨詢部

         簡稱基礎設施部。負責承擔基礎設施、信息化等領域研究、規劃、項目咨詢及評估工作。

    （十二）社會事業發展咨詢部

         簡稱社會事業部。負責承擔公共服務領域的研究、規劃、項目咨詢及評估工作。

    （十三）青海青咨工程咨詢服務有限公司

         簡稱青咨服務公司。負責保障車輛、文印、職工食堂、保潔、安全生產等后勤服務工作；負責物品采購領用、固定資產管理等工作。